Reference Example · TCGA-LUAD KRAS
TCGA-LUAD KRAS 示例填写参考
Filled example for clinical task contributors.
本页面展示一个已经填好并完成专业复核的 TCGA-LUAD KRAS 表达分层与生存分析 示例，用于说明医学研究工作流的填写方式。它不是医生真实提交记录。
只读参考。本页面内容已根据正式示例自动填入，不能编辑、添加、删除、导入或导出，也不作为正式提交入口。
公开材料包只包含任务输入和软件入口，不包含 ALE 隐藏参考答案。下载输入材料示例
任务流程导读
这个示例模拟生物信息学研究人员使用公开 TCGA-LUAD 数据完成 KRAS 表达分层和生存分析。它不是单次统计问答，而是一条从公共数据获取、队列构建、变量派生到统计分析和可复现交付的研究工作流。
输入材料
- 任务规范：规定 TCGA 项目、KRAS Ensembl ID、表达字段、样本和分组规则。
- 输出契约：规定 cohort、KM 图、Cox JSON 和 R script 的最低要求。
- 运行说明：说明 GDC 公共数据访问方式和 R 软件环境。
- 运行时公共数据：从 GDC 获取 TCGA-LUAD clinical 与 STAR-count expression 数据。
最终产物
- cohort.csv：一行一患者的 KRAS、OS、年龄和分期分析队列。
- km_plot.png：KRAS high/low Kaplan-Meier 生存曲线。
- cox_results.json：log-rank 与规定 Cox 模型的结构化结果。
- analysis.R：从 GDC 下载到全部分析产物的端到端脚本。
完整流程
- 阅读任务规范，确认 KRAS 字段、样本选择、中位数分组、统计模型和输出契约。
- 从 GDC 获取临床与表达数据，只保留 primary tumor，并按规则为每名患者选择一个样本。
- 合并 KRAS tpm_unstranded 与临床数据，正确派生 OS、年龄和 stage group。
- 按全队列 KRAS 中位数分为 high/low，等于中位数归入 high，完成 KM 和 log-rank。
- 拟合 KRAS group、age 和 stage group Cox 模型，生成结构化统计结果。
- 核对队列、图、JSON 与 R script 的数据版本、规则和数值一致性。
怎样算合格
- 患者主键唯一，样本均为 primary tumor，重复样本规则和变量派生可独立重算。
- KM 分组、log-rank 和 Cox 结果均来自交付 cohort，且满足任务定义。
- 四项文件完整、可解析、相互一致，analysis.R 能重建主要结果。
- 记录 GDC query、获取时间和软件版本，不用固定数值掩盖公共数据更新。
严重错误示例
- 混入非原发肿瘤、重复患者，或使用错误表达字段和生存派生。
- 改变中位数范围或 ties-to-high 规则，使 KRAS 分组与任务定义不一致。
- 不同文件来自不同队列，或使用隐藏参考答案和手工数值修正结果。
- 把关联分析表述为临床诊断、治疗建议或已经验证的生物标志物。
如何阅读这个示例
- 这是一个医学研究数据分析案例，重点不是固定统计答案。
- 请关注数据选择、变量派生、统计计算和可复现交付如何逐阶段表达。
- 该示例已完成专业复核，用于展示数据、统计过程和可复现交付如何映射到 CALE 问卷。
建议关注
- 公共数据会更新时，如何用规则、provenance 和独立重算判断合格。
- 如何把研究有效性、数据完整性和结论边界写成安全规则。
- 为什么公开输入、隐藏评价逻辑和最终产物必须分开管理。
适合提交的任务
- 来自真实临床工作或科室标准流程
- 材料完备、可理解、足以推理执行
- 存在明确、可核验的正确结果
- 涉及多步骤、多模态或专业工具/系统操作
- 存在明确的“严重错误”，一旦发生即判为不安全
不适合提交的任务
- 纯知识问答或“谈谈看法”式开放题
- 材料残缺、无法据以完成
- 无法说明何为“正确完成”
- 无任何安全或错误后果的琐碎任务
数据与合规。本项目收集的数据默认仅用于内部评测；是否对外公开由您在第 08 部分选择，我们会遵从您的选择。涉及真实患者的私有数据，请优先确保已获伦理审批或知情同意；公开、合成或已发表数据填写来源即可。请勿在本表内粘贴含患者身份信息的原始数据。
标 * 为必填。正式贡献任务时，请登录空白问卷，随时保存服务器草稿，将登记的材料整理为一个 zip 上传，并确认无误后正式提交。本页仅用于参考填写粒度；JSON 导出用于演示和本地备份。
01
贡献者与任务归属
用于项目组联系、后续署名确认和任务所属科室/专业方向分类。联系信息仅项目组可见，不对外公开。
02
任务基本定义
用一句话到一段话说清这是个什么任务、有多难。
03
任务场景与目标
请用临床或医学工作语言描述这个任务发生在什么场景、需要完成什么。这里不需要写参考答案。
04
输入材料
任务材料应完备、可理解、足以据以完成。请说明每份材料在任务中起什么作用，以及是否属于必须材料。
Q18b文件 / 材料清单逐个登记 zip 中的文件路径及其元信息；材料用途用于说明该材料支持什么判断或操作
说明：这里展示材料 zip 内相对路径的填写方式，例如 input/case_manifest.tsv、input/dicom_cases/case_001.dcm、reference/stage1_example.png。正式问卷支持在服务器提交区上传单个材料 zip。
05
以流程阶段为主轴填写
请按真实工作流程拆解阶段。每个阶段先填写主信息，再在阶段内部添加一条或多条“阶段关键结果 / 合格标准”和“阶段严重错误”。
阶段关键结果可以是中间判断、临时记录、表格、截图、软件状态、输出文件或“无显式产物”。
如果某个阶段没有可核验结果或严重错误，可以保留空白子表；项目组后续会整理为 CALE 的过程检查、安全门控和人工介入规则。
06
最终结果与跨阶段合格标准
这里不再重复每个阶段的评估要求。请填写最终交付物、最终答案、跨阶段一致性要求或无法归入单个阶段的关键结果。
任务级结果可以是最终报告、结构化表格、图像标注、软件输出文件、跨阶段综合判断或质量控制结果。
如果某项结果其实只属于某个具体流程阶段，建议优先写入第 05 部分对应 stage 的“阶段关键结果 / 合格标准”。
Q22有哪些全局要求一旦没有满足，就应认为任务未通过？*逐个输入后点“添加”。只填写跨阶段要求，例如必需文件缺失、最终交付物缺失、关键病例遗漏、报告与结构化结果自相矛盾等。
07
全局安全规则与人工介入兜底
本部分只记录不属于具体阶段、或适用于全任务的安全边界；阶段内错误请优先写在第 05 部分
默认推荐处理：严重错误保留分析得分，但 Safe Pass 判失败；资料不足或高风险不确定时应请求医生确认或补充资料。
08
数据治理与补充说明
用于确认数据的合规与公开范围。
Q25可否推荐独立专家复核选“可以”后填写姓名与邮箱，可添加多名
— 以下由项目组填写：任务编号（自动生成）· 医学复核结论 · 工程实现状态 · 最终质控 —